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Se calculan de la misma manera que las ordinarias, pero con la importante particularidad de que se consideran como servicios efectivos no solo los ya efectivamente prestados sino también el período de tiempo que le resta al funcionario para alcanzar los 65 años de edad. Este período se considera prestado en el grupo funcionarial al que pertenece el funcionario en el momento de la jubilación.
Ahora bien, hay un cambio importante desde enero de 2009. Para las pensiones por incapacidad permanente para las tareas propias del Cuerpo del funcionario (lo que habitualmente llamamos incapacidad total) derivadas de accidentes o enfermedades comunes y originadas a partir del 1 de enero de 2009, si en el momento de la jubilación el funcionario tiene acreditados menos de 20 años de servicios efectivos al Estado (incluyendo los cotizados a cualquier régimen público de Seguridad Social) tiene una reducción sobre la cuantía calculada de acuerdo con lo expresado en el párrafo anterior, de acuerdo con el siguiente cuadro:
Si el funcionario tiene 20 o más años de servicios no se produce reducción.
Esta reducción no afecta a las pensiones por incapacidad para toda profesión u oficio (incapacidad absoluta) ni a las incapacidades totales producidas o derivadas de lesiones en actos de servicio ni a las ya concedidas antes del 1 de enero de 2009.
Las pensiones por incapacidad permanente para tareas propias de su Cuerpo (las totales) tributan (excepto en el País Vasco, donde hay normas diferentes según las provincias). Las que no tributan en ningún caso son aquellas en que la lesión o la enfermedad incapacita para toda profesión u oficio (las absolutas).
Otra novedad vigente desde enero de 2009 es que si con posterioridad al reconocimiento de la pensión por incapacidad se produjera un agravamiento de la causa que la originó de modo que el afectado pase a estar incapacitado para toda profesión u oficio (es decir la incapacidad pase de total a absoluta) el funcionario jubilado puede solicitar una revisión de su calificación antes de cumplir los 65 años. Además de los cambios que hemos relatado anteriormente, desde 2009 también los informes de los Tribunales médicos son vinculantes en el caso de las jubilaciones por incapacidad. Hasta entonces, enero de 2009, dichos informes no tenían ese carácter vinculante para las administraciones públicas. Es decir, se podía jubilar a un funcionario que la Consejería o el Departamento correspondiente considerara que debía jubilarse aunque el tribunal médico del INSS (el llamado EVI) considerara lo contrario.
